Dal punto di vista meteorologico, in entrambe le basi si può contare sul tipico clima mediterraneo, proprio delle medie latitudini, con una temperatura media senza notevoli variazioni annuali, tale da rendere ideale la navigazione per un periodo di 9 mesi l'anno (da marzo a novembre). Per quanto riguarda i venti, la termica generata sulla costa occidentale proviene da Nord-Ovest (forza 4), mentre sulla costa meridionale proviene da Sud-Est (forza 3).
La posizione geograficamente strategica della base di Carloforte consente di Ottimizzare la navigazione, scegliendo al momento della partenza l'itinerario (Ovest o Sud) in funzione dei venti previsti, che si andranno a comporre diversamente con le due termiche.